廃棄されたバイオプラスチックの処理方法は3通りが考えられる。埋め立て処分にするか、石油由来プラスチックと同様にリサイクルするか、堆肥化処理（コンポスト化）するかのいずれかである。
多くのバイオプラスチックは生分解性をもつため、堆肥化が可能だ。ただし堆肥化には、バイオプラスチックを十分高温にして、微生物が分解できるようにする必要がある。十分に加熱せずに、土に埋めたり家庭用堆肥化容器に入れたりしても、短期間では分解されない。バイオプラスチックが海に流れ込んでも、結末は石油由来プラスチックと同じだ。分解に何十年もかかるため、細かく砕けマイクロプラスチックになり、海洋生物を危険にさらすことになる。（参考記事：「人体にマイクロプラスチック、初の報告」）
「PLAはバイオプラスチックですが、流出しても海では生分解が起きません」とジャムベック氏は話す。「石油由来プラスチックとなんら変わりません。処理場で堆肥化できますが、もし町に処理場がなければ、なんの意味もないのです」