この切り離されたドメインモデルが「一般的にあまり好ましくない」理由の本質は一体何でしょうか？
パフォーマンスのような技術的な問題以外に、「ドメインモデルの設計思想としての理由」などがありますか？
Rule: Reference Other Aggregates by Identity と言ってますので、リポジトリの中で他の集約を持つことは、このルールに引っかかるということではないでしょうか。より関連性が高まるので一般的にあまり好ましくないと表現しているのではないかと思います。
いまいちわからん。
個人的には、集約としてモデル化されているなら、その集約をリポジトリのパラメータにした方が素直な作りじゃない？ とは思うけど。