まず結論から話すと、Protobuf を使うことで大きく二つのことが実現可能になると考えています。ひとつは、設計への適切な投資による 開発生産性の維持 、もうひとつは、その結果としてのモジュール化による 開発者のスケーラビリティの向上 です。
Protobuf というのは message という「データ」にフォーカスした言語になっています。別で service という概念で呼び出し手続きについても記述できるようになっているのですが、message と service は明確に分離されていますし、message から書き始めることもできます。したがって、ドメイン上のオブジェクトをきちんと構築することができますし、その構築したオブジェクト群に対して、serializer など API の実装の仕組みを整えることで実装レベルでもモジュール化して行くことができます。