プロジェクトの方針としてorm使おうと決めているのに特に断りなくsql使うなら問題だと思います。
また、SQLを直接書いた方が分かりやすいは一定以上書ける人なら間違いなくSQLの方が分かりやすいです。どのデータを取ってくるかを直に書いているイメージになるので。
ただ、勘違いしてはいけないのは別にSQL直書きは遅れている技術でも劣っている技術という訳でも無い事です。
ormは入門レベルのsqlなら書けますが、分析関数や再起クエリ、view、materialzed view、集合の足し算、引き算などはサポートしていません。そのため、大規模な開発やパフォーマンスが求められる部分ではSQL直書きは避けられないでしょう。病院などの大規模なDWHのシステムならSQL使わないとシステム死にますし、下手したら書けません。
よくあるSQL不要論はこれらの開発経験を積んだ事が無い方が仰っている事が多いと見受けられます。
そのプロジェクトがSQLを書いた方が良いものかはこちらでは判断出来ないですが、もし上のケースに当てはまるプロジェクトなら一度見直してみては?
クエリビルダーは使いたいがORMはあんまり使いたくない派