ウェブサイトの書体選び、「読みやすい」が最優先だと思う。ではどの書体が読みやすいか。それはやっぱり見慣れてる書体。Winならメイリオ、MacOS/iOSならヒラギノが第一選択肢。次にWin/Macも游ゴシック。それを分かった上であえて他の書体を選ぶならどうするか。という考え方が基本かなと思います。
デザイナーはメイリオ嫌う人多い印象あるけど、OS自体が標準で使ってて、GoogleもTwitterもFacebookもYahooも日経もnoteもみんなメイリオで表示されるわけだから、少なくともWinにおいてはメイリオが可読性最強書体なのは間違いないと思う。「見慣れてる」ってのはそれだけ有利。
そもそも、OSなどの環境が変わっても見た目を完璧にコントロールしようというのがウェブの世界の発想ではないように私は思う。どんな環境でも問題なく情報提供されるが細かな見た目の差異は許容するという柔軟性がある視覚システムを作るのが、HTMLを使った視覚デザインの基本思想ではないかと思う。
ちなみに游ゴシックはMedium以上のウエイトじゃないと細すぎて読み辛いなと私も思います。
CSSのfont-familyは環境にお任せの方がよいというのはありそう。