ついでに JQuery 以外の DOM操作ライブラリもざっと見てみてけど、結局 JQuery との互換性を気にする必要があったり、JQuery に依存するライブラリはどうすんだとか考えることになるなら、素直に JQuery 使えばいいのでは…？ という気になってくる。
既存の JQuery プラグインを使った方が工数が減る場面はまだまだあるわけだし、React や Vue.js を採用しているプロジェクトでも、とりあえず標準ライブラリとして用意はするが、JQuery の濫用はなるべく避けるって方針で運用するのが穏当な結論では。