結論から言うと Atomic デザインを React のディレクトリ構成に当て込むのをやめました。結構ツラミが出てきてしまった感じです。とはいえ、Atomic デザインを批判するわけではなく、むしろ概念というか考え方は好きな部類です。
あくまでデザインシステムであり、ディレクトリ構成に当て込むべきものではないなと。
Clean Architectureもそうだけど、とにかく細かく分割する設計はあくまで概念設計レベルの話で物理設計は取捨選択が必要というのが明らかになりつつある。
DB設計は概念設計は割と粒度大きめで物理設計に進むに連れて正規化されていくのとは逆なのが興味深いな。