すべてをDockerにする必要はない
Dockerを使用するのは、サーバーのロールという観点からメリットがある場合だけにしましょう。
Dockerイメージはロールベースで使用する
Dockerは (app、db、キャッシュなどの) ロールベースで使用する方が、個別のプロセス単位で使用するよりも遥かに管理が楽です。
コンテナにはデータを保存しないこと
やむを得ない理由がない限り、Dockerのコンテナにはデータを保存しないでください。動いているDockerコンテナをうかつに止めてしまうと、データが一瞬で永遠に失われることになりかねません。データは、共有ディレクトリのあるホストに直接保存する方が安全かつ楽に管理できます。